Changes between Version 8 and Version 9 of SOPs/InProgressChipSeq

Timestamp:

10/31/25 15:04:28 (3 days ago)

Author:

kdesilva

Comment:

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SOPs/InProgressChipSeq

@@ -67 +67 @@
 
 {{{
-bsub "macs14 -t IP_mapped.map -c Control_mapped.map --name=outputName --format=BOWTIE --tsize=36 --wig --space=25 --mfold=10,30"
-bsub "macs14 -t IP_mapped.sam -c Control_mapped.sam --name=outputName --format=SAM    --tsize=36 --wig --space=25 --mfold=10,30"
+sbatch --job-name=MACS14_BOWTIE --wrap="macs14 -t IP_mapped.map -c Control_mapped.map --name=outputName --format=BOWTIE --tsize=36 --wig --space=25 --mfold=10,30"
+sbatch --job-name=MACS14_SAM --wrap="macs14 -t IP_mapped.sam -c Control_mapped.sam --name=outputName --format=SAM    --tsize=36 --wig --space=25 --mfold=10,30"
 }}}
 
@@ -92 +92 @@
 Map with Bowtie, use --sam parameter to get a SAM output file
 {{{
-bsub "bowtie -t -m 3 -n 3 -l 36 --strata --best --solexa1.3-quals --sam inputSeq bowtieOutput.sam"
+sbatch --job-name=bowtie_align --wrap="bowtie -t -m 3 -n 3 -l 36 --strata --best --solexa1.3-quals --sam inputSeq bowtieOutput.sam"
 }}}
 
@@ -98 +98 @@
 
 {{{
-bsub "samtools view -S -b -o bowtieOutput.bam bowtieOutput.sam" 
+sbatch --job-name=samtools_view_bowtie  --wrap="samtools view -S -b -o bowtieOutput.bam bowtieOutput.sam" 
 -S       input is SAM
 -b       output BAM
@@ -104 +104 @@
 
 {{{
-bsub "bamToBed -i bowtieOutput.bam > bowtieOutput.bed"
+sbatch --job-name=bamToBed  --wrap="bamToBed -i bowtieOutput.bam > bowtieOutput.bed"
 }}}